من سقوطها، لأعاود إصدار المقتبس، لكن الحاكم العسكري العام وكان من أصدقائي، ألح عليّ أن أتولى رئاسة ديوان المعارف فقبلت متكارهاً، وأخذت في درس حالة المدارس لإصلاحها على ما يلائم روح الأمة العربية، وبدأت بإنشاء دار للآثار وتجهيز دار الكتب الظاهرية بجهاز حديث. ثم حصل خلاف بيني وبين الحكومة فأردت التنحي عن رئاسة ديوان المعارف، فألحت علي الحكومة بالبقاء، إن كان ولا بد فينقلب ديوان المعارف بأعضائه ورئيسه إلى مجمع علمي، وتكون علاقته مع رئيس الحكومة مباشرةً، فقبل هذا الاقتراح وشرعت في تأسيس المجمع العلمي العربي في 8 حزيران سنة 1919.

وفي آخر تشرين الثاني سنة 1919 صدر الأمر بدعوى الضيق المالي بصرف رئيس المجمع العلمي وأعضائه، إلا عضوين فقط للأشراف على داري الكتب والآثار. وكان ذلك تشفياً من بعض الأحزاب التي لم أشأ أن أسايرها على العمياء. ودمت منعزلاً في داري إلى ان عهدت إلي وزارة المعارف في 7 أيلول سنة 1920 أول دخول السلطة الفرنسية إلى المدن الربع، وهي الوزارة التي غيروا اسمها بعد مع سائر الوزارات باسممديرية عامة. وفي خلال ذلك أخذت عشرة من الطلاب للإخصاء في العلوم العالية في جامعات فرنسا. وزرتها للمرة الثالثة، كما زرت بلجيكيا وهولندا وإنكلترا وإسبانيا وألمانيا وسويسرا وإيطاليا، وكتبت الرحلة الثالثة في إحدى وخمسين مقالة، وأعدت طبع غرائب الغرب وأدخلت فيه

الرحلات الثلاث، فجاء في مجلدين. وكان أحد أعوان الجنرال غورو أول مفوض سام للجمهورية الفرنسية ولبنان نشر على لساني وبدون اطلاعي في إحدى المجلات الباريزية عبارة يقصد منها مدح الانتداب الفرنسي إلى التي ليس بعدها وتقريظ غورو وأعوانه. فكذبت ما عزي إلي في الصحف. وكان أحد موظفي البعثة الفرنسية في دمشق دس أيضاً على لساني في خطبة أردت على إلقائها باللغة الفرنسية في معرض بيروت التجاري على جماعة من الفرنسيس جملاً بخصوص العهد الفيصلي لم تخطر لي في بال. فامتعضت مما وقع في المرة الأولى والمرة الثالثة، ولما لم يرق عملي من التكذيب في نظر وكيل المفوض