فأمر بهم رسول الله صلى الله عليه وسلم إلى موضع سوق المدينة اليوم، فخندق بها خنادق، ثم أمر رسول الله صلى الله عليه وسلم فضربت أعناقهم فى تلك الخنادق. وقتل يومئذ حيى بن أخطب والد أم المؤمنين صفية، وكعب بن أسد، وكانوا من الستمائة إلى السبعمائة. وقتل من نسائهم امرأة واحدة، وهى بنانة امرأة الحكم القرظى، التى طرحت الرحى على خلاد بن سويد بن الصامت فقتلته، وأمر رسول الله صلى الله عليه وسلم بقتل كل من أنبت، وترك من لم ينبت.
ووهب رسول الله صلى الله عليه وسلم لثابت بن قيس بن الشماس ولد الزبير بن باطا، فاستحياهم، منهم عبد الرحمن بن الزبير، أسلم وله صحبة.
ووهب أيضا صلى الله عليه وسلم رفاعة بن شمويل القرظى لأم المنذر سلمى بنت ليس من بنى النجار، وكانت قد صلت القبلتين، فأسلم رفاعة وله صحبة، وكان ممن لم ينبت.
واستحيا عطية القرظى، وله صحبة.
وقسم رسول الله صلى الله عليه وسلم أموال بنى قريظة، فأسهم للفارس ثلاثة أسهم، وللراجل سهما، وكان الخيل يومئذ فى المسلمين ستة وثلاثين فرسا.
ووقع للنبى صلى الله عليه وسلم من سبيهم ريحانة بنت عمرو بن خنافة، إحدى نساء بنى عمرو بن قريظة، فلم تزل فى ملكه حتى مات صلى الله عليه وسلم.
فكان فتح بنى قريظة فى آخر ذى القعدة متصلا بأول ذى الحجة فى السنة الرابعة من الهجرة.
فلما تم أمر بنى قريظة أجيبت دعوة الرجل الصالح: سعد بن معاذ رضوان الله عليه، فانفجر عرقه فمات. وهو الذى اهتز عرش الرخمن لموته يعنى سرور حملة العرش بروحه، رضى الله عنه.