فلما ولى أبو جعفر الخلافة أقرّ عيسى بن موسى على ما كان أبو العباس ولّاه من ولاية الكوفة وسوادها، وكان له مكرما مجلّا، وكان إذا دخل عليه أجلسه عن يمينه، وأجلس المهدى ابنه عن يساره، ثم عزم على تقديم المهدى عليه فى الخلافة، وكلّمه فى ذلك برفيق من الكلام فأبى، فتغيّر عليه وباعده بعض المباعدة. وقصد إليه بالأذى حتى أجابه إلى ما سأله (?)، وكان ذلك سنة 147 هـ.

وروى الطبرى أن أبا جعفر كتب إليه فى ذلك:

«بسم الله الرحمن الرحيم، من عبد الله: عبد الله المنصور أمير المؤمنين إلى عيسى ابن موسى، سلام عليك، فإنى أحمد إليك الله الذى لا إله إلا هو، أما بعد، فالحمد لله ذى المنّ القديم، والفضل العظيم، والبلاء (?) الحسن الجميل، الذى ابتدأ الخلق بعلمه، وأنفذ القضاء بأمره، فلا يبلغ مخلوق كنه حقّه، ولا ينال فى عظمته كنه ذكره، يدبّر ما أراد من الأمور بقدرته، ويصدرها عن مشيئته، لا قاضى فيها