حكم عليه بالإعدام عقب أحداث عام (1954 م) ثم عدل الحكم إلى السجن وبعد نحو عامين سجن بمنزله حتى عام (1961 م) ثم أعيد اعتقاله مع آلاف من أعضاء الجماعة عام (1965 م) وحكم عليه بالسجن لمدة ثلاث سنين ثم اعتقل بعدها نحو ثلاث سنوات أخرى وأفرج عنه في أكتوبر عام (1971 م) بعد أن جاوز الثمانين من عمره وقد حج في سنة (1392 هـ) وكان قد أدى فريضة الحج من قبل كما سبق أن زار المملكة السعودية في مناسبات أخرى حتى توفي في يوم الخميس من اليوم المذكور الموافق 8 نوفمبر (1973 م) ودفن في يوم الجمعة رحمه الله تعالى وعفا عنه قال الله تعالى: {وَلَنَبْلُوَنَّكُمْ حَتَّى نَعْلَمَ الْمُجَاهِدِينَ مِنْكُمْ وَالصَّابِرِينَ وَنَبْلُوَ أَخْبَارَكُمْ (31)}.
وفيها وفاة الشيخ محمد الأمين الشنقيطي رحمه الله وعفا عنه، وهذه ترجمته: هو الشيخ العالم المتبحر في التفسير والفقه والعلم والمعرفة محمد الأمين بن محمد المختار بن عبد القادر الجكني الشنقيطي ينتهي نسبه إلى يعقوب بن جاكن الأبر جد القبيلة الكبرى المعروفة بالجكنيين ويرجع نسبها إلى حِمير، ولد في القطر المسمى شنقيط، وهو الجزء العربي الواقع في الجبهة الشرقية من دون موريتانيا الواقعة من المحيط الأطلسي والجزائر ومتاخمة لمراكش والسنغال في عام (1325 هـ)، وتوفي في 17/ 12 من هذه السنة، وكانت أمه ابنة عم أبيه.
نشأ في بيت علم نساءً ورجالًا، ودرس على أخواله وأبناء أخواله ونسائهم مبادئ العلوم وعلوم القرآن وأتم دراساته في مختلف الفنون على كبار مشايخ البلاد من التفسير والحديث والفقه والأصول والنحو والبلاغة والصرف، أما السير فقد درسها على نساء أهل بيته، وأما المنطق فقد حصله دراسة.