تزوج الإمام ابن كثير بابنة شيخه أبي الحجاج المزي، وكانت امرأة صالحة حافظة لكتاب الله بارة بوالديها, وكانت قد حفظت القرآن على والدتها عائشة بنت إبراهيم بن صديق1.
وقد رزق منها بأولاد أربعة, نذكرهم مرتبين حسب سني وفياتهم:
1- عمر بن إسماعيل بن عمر بن كثير القرشي. وكان فقيها، كتب تصانيف أبيه وولي الحسبة مرارا والأوقاف, ودرس بأماكن عديدة. توفي سنة ثلاث وثمانين وسبعمائة2.
2- أحمد بن إسماعيل بن عمر بن كثير. وكان حسن السمت عارفا بالأمور، توفي سنة إحدى وثمانمائة3.
3- بدر الدين محمد بن إسماعيل بن كثير, أبو البقاء. درس العلم وتفقه على كثير من الشيوخ, وكان ذا فضل، معروفا بحسن الخط وجودة الضبط. توفي سنة ثلاث وثمانمائة4.
4- التاج عبد الوهاب بن إسماعيل بن كثير. سمع من أبيه وغيره من الشيوخ, توفي سنة أربعين وثمانمائة4, عليهم رحمة الله تعالى جميعا.