من المؤرخين بصحة بعض فصلوها إلا أن هناك إجماعًا على أن عملية الاغتيال تمت على أيدي عناصر خارجية، انتقامًا لضحايا معركة النهروان، وإذا كان صحيحًا أن هذا الاغتيال كان وليد الفتنة، فقد كان ذلك كنتيجة للتناقضات الداخلية في معسكر علي، ذلك؛ لأن الضربة ستأتي من الخوراج، والراجح أنه كان عملًا فرديًا، إذ إن حصول اتفاق مسبق بين الخوارج، وتخطيط لعملية القتل، هو أمر مستبعد بفعل:

- أن معركة النهروان فرقت الخوارج وشتتتهم، فلم يبق منهم سوى مجموعات صغيرة مبعثرة في القرى.

- كراهية الخوراج أسلوب الاغتيالات في مواجهة أعدائهم.

- لم يكن الجو السياسي والعسكري العام آنذاك مؤاتيًا لتجديد الاضطراب الخارجي.

وإذا أمكننا الحديث عن مؤامرة، فإنها قد تمت بين عدد محدود جدًا من الخوارج ولا تعبر بالضرورة عن تطلعات الحركة، أما بقية المعلومات الخاصة بعملية القتل مثل قصة الحب بين قطام وابن ملجم، والدور المزعوم للأشعث بن قيس الكندي، الذي رواه اليعقوبي، وغيرها، فقد شكك العديد من المؤرخين في صحتها.

شكل اغتيال علي الضربة القاضية للدولة الراشدية، بعد أن حالت النزاعات الداخلية دون تثبيت جذورها في الأرض، وبذلك انطوت صفحة هذه الخلافة التي استلهمت من تجربة النبي الزائدة بوصفها امتدادًا لعصر النبوة.