1492 م. كتب الاتفاق بالقشتالية وذيله بالموافقة السلطان أبو عبد الله بالعربية بخط يده بعبارات ذليلة مؤلمة. وكانت زوجة أبي عبد الله قد توفيت في أندرش، فغادر في أوائل أكتوبر سنة 1493 م بأهله وأتباعه من ثغر عذرة، كما غادر في الوقت نفسه عدد كبير من وزرائه وقواده ميناء المنكب إلى ميناء مليلة بالمغرب، ومنه إلى حاضرة فاس. كان عدد من هاجر مع السلطان أبي عبد الله إلى فاس 1132 شخص. وكان سلطان المغرب آنذاك أبو عبد الله الوطاسي.

وهاجر في السنين الأولى من احتلال القشتاليين لغرناطة عدد جم من كبار أهلها وقوادها وفقهائها وعلمائها وساداتها وأعيانها، وباعوا أملاكهم لكبار القشتاليين المحتلين. فعبر بنو سراج إلى فارس، وعبر أشراف المرية إلى وهران ومنها إلى تلمسان، وأشراف الجزيرة الخضراء إلى طنجة، وأعيان رندة وبسطة إلى أحواز تطوان، كما هاجر أعيان لوشة وبعض أهل غرناطة ومرشانة وجبال البشرات إلى قبيلة غمارة بالمغرب، وجاز أعيان بيرة وبرجة وأندرش إلى منطقة طنجة، وأعيان بليش إلى سلا، وأعيان طريف إلى آسفى وآزمور، كما هاجرت أعداد كبيرة إلى بجاية وتونس وقابس وصفاقص وسوسة والمشرق.

وهاجر أحد قواد الجيش الأندلسي الغرناطي أبو الحسن علي المنظري إلى جنوب سبتة واستأذن من سلطان المغرب إعادة تأسيس تطوان التي كانت خربة. فأذن له سنة 898 هـ (أواخر 1492 م). فأعاد تعميرها بعدد كبير من المهاجرين الغرناطيين الذين حصنوها حتى أصبحت ملاذًا للمهاجرين الأندلسيين ما يقرب من قرن ونصف وحصنًا ضد الغزو النصراني من حصون المغرب الثابتة.

واعتنق النصرانية طواعية بعد الاحتلال جماعة من الأمراء والأعيان. فقد تنصر الأميران سعد ونصر ابنا السلطان أبي الحسن كما رجعت أمهما ثريا إلى دينها النصراني فأصبحت تعرف باليزابيث دي سوليس، وغير اسم الأمير سعد إلى"دوق فراندو دي غرناطة" وعمل قائدًا في الجيش القشتالي، وأصبح الأمير نصر"دون خوان دي غرناطة". وتنصر الأمير يحيى النيار ابن عم أبي عبد الله الزغل وقائد المرية عقب تسليمه المرية وتسمى بـ"دون بدرو دي غرناطة"، وتنصرت زوجته وتنصر ابنه علي تحت اسم "دون ألونسو دي غرناطة بنيغش" وتزوج وصيفة الملكة الكاثوليكية. وتنصر معظم آل بنيغش بما فيهم الوزير أبو القاسم بن رضوان بنيغش. وتنصر الوزير يوسف بن كماشة وأصبح راهبًا، وغيرهم كثير.