الرجوع إلى البشرات وانضمت إليه جموع المجاهدين. وكان خذلان أهل حاضرة غرناطة للثورة أول نكسة لها. لكنها لم تفت في عزيمة المجاهدين الذين ركزوا عملياتهم بعد ذلك على جبال البشرات.

وتوجه محمد بن أمية إلى وادي الإقليم حيث جددت بيعته يوم 29/ 12 / 1568 م ملكًا للأندلس ورئيسًا للثورة في بلدة برذنار. فأعاد تعيين عمه رئيس للجيش وفرج بن فرج رئيسًا للوزراء. وأرسل الوفود لكل طاعات (محافظات) البشرات الاثنى عشر، فبايعته جميعها. ثم توجه محمد بن أمية إلى البشرات، واستقر في لوشر حيث اتخذ عاصمته الموقتة. ولم تدخل سنة 1569 م حتى احتل المجاهدون جميع جبال البشرات ووادي الإقليم بعد طرد الحاميات القشتالية والإرساليات النصرانية أو القضاء عليها.

وأخذ السلطان محمد بن أمية في تعيين قواد المناطق ومستشاريه العسكريين.

فعين شعبان ميكيل دي غرناطة قائدًا لوادي الإقليم، وماركوس الزمار قائدًا لمنطقة قولجر، وماتيو الرامي قائدًا لمنطقة المرية، وفراندو الغري قائدًا لوادي المنصورة، وفرانسسكو بوركرير بن مكنون قائدًا للمنطقة الشرقية، وجرنيمو بن المليح قائدًا لمنطقة وادي آش، ومارتين قائد قائدًا لمنطقة عذرة، الخ ... واختار ثلاثة من المجاهدين مستشارين عسكريين له، هم الناقص والرنداتي والأرشذوني. ومنذ بداية الثورة، أخذ فرج بن فرج يقوم بعمليات انفرادية بين شواطىء بيرة شرق شمال المرية وجبل طارق دون تنسيق مع القيادة، فأزاحه محمد بن أمية وعين مكانه عمه ابن جهور. وكان في انسحاب هذا القائد الفذ من الثورة في أولها نكسة ثانية لها، ولكنها مرت بسلام ودون انشقاق في صفوف المجاهدين. وتابع فرج بن فرج جهاده دون رئاسة مما يدل على إخلاصه وحسن طويته.

أخذ ابن أمية يدعو المجاهدين والأهالي للرجوع إلى الأصالة الإسلامية، ونبذ الألقاب والأسماء النصرانية المفروضة، وإعادة الألقاب والأسماء الإسلامية، والاهتمام بالصلوات الخمس وبإحياء المساجد. ووقعت نقمة الثوار على الكنيسة وممثليها من قسس ورهبان وعلى موظفي الحكومة الذين أذاقوا المسلمين شر العذاب. فانقض عليهم الثوار ومزقوهم شر تمزيق، وقتلوا القسس وقضاة محاكم التفتيش وعمال الحكومة. وعمل محمد بن أمية على منع المجاهدين من الانتقام وقتل الأبرياء.