على الرغم من أن عملنا لا يستمد قيمته من كشف عيوب الأعمال السابقة، لأن قيمته في ذاته، فقد وضعنا أيدينا - أثناء انشغالنا بجمع مادة معجمنا وتحريرها - وضعنا أيدينا على جملة من السلبيات التي تداركناها في عملنا، مما تطلب منا مراجعة دقيقة لأعمال السابقين، وعدم اقتباس ما ورد فيها من آراء وتفسيرات ما لم يكن له أصل فيما روي عن ثقات المفسرين، بل إننا لم نُسلم قيادنا لكل ما ورد في المصادر التراثية، فكنا ننخلها بدقة الباحث، ونزنها بميزان الخبير، وننحّي منها ما نشك في ثبوته، أو نقطع بعدم صحته.
وربما كان من المفيد أن نعرض ملاحظاتنا في مجموعات على النحو التالي:
أ: ملاحظاتنا على أعمال الفهرسة لألفاظ القرآن الكريم:
تشمل هذه الملاحظات عملين اثنين يكمل ثانيهما الأول، وهما: "المعجم الفهرس لألفاظ القرآن الكريم"، و"معجم الأدوات والضمائر في القرآن الكريم"، وعملا ثالثًا يفترض أنه يجمع بين العملين السابقين: وهو "قاموس الألفاظ القرآنية" لحسين محمد الشافعي.
إنّ أول ما يلفت النظر في العملين الأولين عدم الإحاطة والشمول لكل ما ورد في القرآن من ألفاظ تدخل تحت عنوان الكتاب. فقد ترك محمد فؤاد عبد الباقي عددًا من الألفاظ دون سبب مقنع، اللهم إلا أن يكون من باب السهو والنسيان، ومن ذلك: