الجامعة فرصة اقتناء المخطوطات النفيسة من مكتبة جوليوس التي بيعت بالمزاد (1696) وانقضى قرن عليها لم تزد مخطوطاتها إلا بفضل بعض الهدايا. فلما كان آخر القرن الثامن عشر ابتاعت المجموعة التي خلفها شرلتنس من المخطوطات العربية والفارسية والتركية. ثم ضمت إليها، في أواسط القرن التاسع عشر، ما ابتاعته من مجموعة دى تستا، ومن مكتبة فان دير بالم. وفي عام 1883 حمل أمين بن حسن الحلواني المدني الحنفي مجموعة مخطوطات من مكتبته إلى أمستردام فاقترح الكرنت الندبرج على جامعة ليدن شراءها فتقاسمتها مع دار بريل للنشر (مطبعة ليدن) وفي عام 1904، باع أمين المذكور ما تبقى من مكتبته إلى جامعة برنستون، والمكتبة الملكية في برلين، ومكتبة جامعة ليدن، فخصها منها 663 مخطوطاً للمشاهير من أمثال: الذهبي، والمقريزي، ومحمد بن عبد الوهاب مؤسس الوهابية. وبضعة دواوين الشعراء اليمن: كعبد الله بن حمزة، والهادي السعودي، وحاتم الأهدل. وقلادة النحر في وفيات أعيان الدهر لأبي مخرمة، والكامل للمبرد، والمجمل في اللغة لابن فارس، والمحاسن والمساوئ للبيهقي، وديوان الأمير الفاطمي تميم بن المعز لدين الله، والمصون في سر الهوي المكنون للحصرى، وتحفة الأشراف في معرفة الأطراف إلخ .. فبلغت المخطوطات العربية والفارسية والتركية 2600 مخطوط. هذا عدا ما في خزانة لغات الهند في مكتبة الجامعة من آلاف المخطوطات لشدة صلة هولندا بالهند الشرقية (?) ثم أربت المخطوطات الشرقية اليوم على 8 آلاف مخطوط في مختلف اللغات.

وقد فهرس مخطوطات مكتبة جامعة ليدن مستشرقون كثيرون ذكرت فهارسها في آثارهم، فمنهم: هاماكر، ودوزي، ودي يونج، وكينان، وجوينبول، وغيرهم الذين وضعوا لها فهرساً في ستة مجلدات: الأول في 366 صفحة، والثاني في 334 صفحة، والثالث في 394 صفحة، والرابع في 350 صفحة، والخامس في 328 صفحة والسادس في 234 صفحة (ليدن 1851 - 65 - 66 - 73 - 77) ثم أضاف، إليه جوينبول، ودى خويه، وهوتسما ثلاثة مجلدات بعنوان: المخطوطات العربية