أول من تولى رئاسة المجمع، هو الشيخ العلامة محمد بن إبراهيم مفتي السعودية، ثم توفي رحمه الله، واستلم الرئاسة من بعده الشيخ عبد الله بن محمد بن حميد رئيس مجلس القضاء الأعلى، ثم توفي رحمه الله، ثم استلم رئاسة المجمع الشيخ العلامة عبد العزيز بن عبد الله بن باز مفتي السعودية، ثم توفي رحمه الله، وأخيرا آلت الرئاسة إلى مفتي السعودية الحالي الشيخ عبد العزيز بن عبد الله آل الشيخ.