وكانت خلافته إحدى عشر سنة إلا أياماً اختلف فيها رضي الله عنه.
وقيل إن المتعصبين على عثمان رضي الله عنه من المصريين ومن تابعهم من البلدان كانوا أربعة آلاف، وبالمدينة يومئذ أربعون ألفاً.
وقد اختلف العلماء فيمن نزل به مثل نازلة عثمان ألحقه الله جناح المغفرة والرضوان هل يلقى بيده أو يستنصر، فأجاز جماعة من الصحابة والتابعين وفقهاء المسلمين أن يستسلم وهو أحد قولي الشافعي، وقال بعض العلماء: لا يسلم بيده بل يستنصر ويقاتل ولكل من القولين وجه ودليل، وسيأتي بيانه إن شاء الله تعالى.
وقال بعض العلماء: ولو اجتمع أهل المشرق والمغرب على نصرة عثمان لم يقدروا على نصرته، لأن رسول الله صلى الله عليه وسلم أنذره في حياته فأعلمه بالبلوى التي تصيبه، فكان ذلك من المعجزات التي أخبر بوقوعها بعد موته صلى الله عليه وسلم وما قال رسول الله شيئاً قط إلا كان.
وقال حسان بن ثابت:
قتلتم ولي الله في جوف داره ... وجئتم بأمر جائر غير مهتد
فلا ظفرت إيمان قوم تعاونوا ... على قتل عثمان الرشيد المسدد
وخرج مسلم في صحيحه قال: وحدثنا محمد بن المثنى ومحمد بن حاتم قالا: حدثنا معاذ بن جبل قال: حدثنا ابن عوف عن محمد قال: قال جندب جئت يوم الجرعة، فإذا رجل جالس فقلت له ليهراقن اليوم ههنا