اكتسب الملك المعز الخبرة اللازمة، وزادت قوة مماليكه المعزية، واستقرت الأوضاع في البلاد، فرضي عنه شعبه، واعترف له الخليفة العباسي بالسيادة على مصر، وكانت هذه الخطوة كبيرة جداً في تثبت أركان الحكم في مصر للملك المعز عز الدين أيبك، وبقتل فارس الدين أقطاي انقسم المماليك إلى فريقين كبيرين متنافرين في مصر: المماليك البحرية الذين يدينون بالولاء لـ شجرة الدر ولـ ركن الدين بيبرس، والفريق الثاني المماليك المعزية الذين يدينون بالولاء للملك المعز عز الدين أيبك.
وهنا فكر المماليك البحرية وقالوا: إذا كان فارس الدين أقطاي الذي هو أكبر المماليك البحرية قدراً وأعظمهم هيبة قد قتل، فما بالك بالذين من بعده؟ فبات المماليك البحرية في توجس وريبة، وما استطاعت الزعيمة شجرة الدر أن تفعل لهم شيئاً، فقرر زعماء المماليك البحرية الهروب إلى الشام؛ خوفاً من الملك المعز عز الدين أيبك , وكان على رأس الهاربين ركن الدين بيبرس، فذهب معظم زعماء المماليك البحرية أو كلهم إلى الشام، وبذلك صفا الجو تماماً في مصر للملك المعز عز الدين أيبك , وأصبح هو الزعيم لمدة ثلاث سنوات متصلة دون معارضة، من سنة (652) عندما قتل فارس الدين أقطاي وإلى سنة (655)، وأصبح قائد الجيش في ذلك الوقت هو سيف الدين قطز رحمه الله، واختفى تقريباً دور الزوجة الملكة القديمة شجرة الدر.
وكل هذه الأحداث جعلتها تغلي من الحقد على الملك المعز عز الدين أيبك.