ونادرا ما يخطئ الناسخ في لفظة قرآنية، فمثلا عند قوله تعالى: {وَلَا تَقْرَبُوا الزِّنَا إِنَّهُ كَانَ فَاحِشَةً وَمَقْتًا (?) وَسَاءَ سَبِيلًا} والصواب بدون (مقتا).
ومن الأخطاء عند تفسير الكلمات القرآنية ما جاء عند قوله تعالى: {سَمَّيْتُمُوهَا أَنْتُمْ وَآبَاؤُكُمْ}: " {سَمَّيْتُمُوهَا} في موضع النعت لـ {أَسْمَاءً} , {أَنْتُمْ} توكيد للتاء والميم, {وَآَبَاؤُهمْ} ... " والصواب: {وَآبَاؤُكُمْ} (?).
وفي النسخة بياض، وسقط في بعض المواضع، وذلك في مثل قوله: وهو شيئ يحتاج إلى (ـ) على يوسف (?).
وأما النسخة الثانية: فموجودة في دار الكتب المصرية برقم 59 تفسير ولها صورة في معهد المخطوطات العربية بالقاهرة برقم 40 علوم القرآن، وهي مكتوبة بخط عادي مقروء، ومقاسها 14.50× 20.50 سم. وهي ثلاثون مجلدا، ولكن الموجود منها، خمسة عشر مجلدا فقط.
أما الجزء الأول: فهو مفقود.