وبالرغم من ذلك فقد ظل الإِمام المطهر يقاوم هذا الغزو الكثيف ويحارب فيالق الجيش التركي بصورة أثارت إعجاب المؤرخين وأدهشتهم كما استمر بعده الإمام المنصور القاسم ثم ولده المؤيد الذي أتيح له إخلاء الأتراك نهائيًّا من الأراضي اليمنية سنة 1045 (?) ولم يعودوا لغزوها إلَّا عام 1252 إثر خلافات داخلية بين الأئمة من أجلها عاد الأتراك للمرة الثَّانية إلى اليمن.

وأمَّا السياسة الداخلية فقد عصفت باليمن فتن داخلية للخلاف على الإِمامة دامت عدة قرون سجل المؤرخون فيها عشرات المعارك (?).

الحروب الداخلية وأسبابها:

إن السبب للحروب الداخلية هو التنافس على الإمام، ومبعث هذا شيء واحد هو وجود العدد الكافي من الهاشميين الذين كانوا يُحَتِّمُون على أنفسهم وجوب القيام بمجرد إحساس أحدهم بشيءٍ من الفضل على الآخر، ومع هذا فإنَّه لم يحدث في الغالب وخصوصًا فيما بعد القرن العاشر الهجري أنْ مات إمام ولم يعقبه إمامان أو أكثر، كل منهم يرى أنَّه حقيق بالإمامة، وهذه الرغبة هي التي ساعدت الدولة على الاستمرار والبقاء طوال عدة قرون بغضّ النظر عما كانت تجرّه من التطاحن والانقسامات التي لا يتسع المقام لذكرها، ثم ما خلّفته من ضغائن وأحقاد بين القبائل جعلتهم يعيشون في صراع مستمر وفوضى مستحكِمة.

يقول أحمد حسين شرف الدين في وصف الحالة الداخلية لليمن (?):

عندما نتصفح كتب التاريخ في هذا الوقت بالذات نجد أن اليمن قد عاش حوالَي قرنَيْن من الزمان كلها فوضى وقلاقل وفتن داخلية، وإن القبائل اليمنية قد سئمت