البحث الذي يقسم فيه الباحث بحثه إلى أبواب أو فصول تتم مناقشة القضايا، وإبراز الحجج والبراهين، وإبداء الرأي. هذا بالنسبة للقسم الثاني من الأقسام التي تشكل الإطار العام لخطة البحث.

القسم الثالث من هذا الإطار: الخاتمة: يشير الباحث في الخاتمة إلى أهم النتائج التي توصل إليها من خلال بحثه، وإلى الجديد الذي أضافه، وفي ضوء تلك النتائج يمكن أن يعرض لبعض توصياته ومقترحاته التي توصل إليها من خلال البحث، وعادة نجد أن البحث الجيد يثير في النهاية عدة تساؤلات أو مشكلات تحتاج إلى علاج. ولا تقاس أهمية البحوث بما تتوصل إليه من نتائج وتفسيرات فحسب، وإنما بما تثيره من مشكلات، وتكشف عنه من قضايا تصلح أن تكون موضوعات لبحوث أخرى. هذه حقيقة، قيمة البحث ليست في التحليل فقط، ولا في التفسير فقط، ولا في النتائج فقط، وإنما قيمة البحث في أن تشعر وأن تقرأه أنه يثير في فكرك عدة مشكلات. يعني: تقرأ بحثًا فتخرج منه بموضوعين أو أكثر من الموضوعات التي يمكن أن تبحث فيها من جديد. هذه هي الجدة وذاك هو الابتكار.

القسم الرابع من الأقسام التي تشكل الإطار العام للخطة: هو الفهارس: وتعد الفهارس ضمن خطة البحث وتنظيمه، وهي لازمة من لوازمه وضرورية بالنسبة للباحث والقارئ معًا، فهي الأداة التي يمكن من خلالها الوصول إلى مكان المعلومة داخل البحث بسهولة ويسر. والفهارس أنواع، هناك فهرس للآيات القرآنية، هناك فهرس للأحاديث النبوية الشريفة، هناك فهرس للقوافي، وفهرس للأمثال، فهرس للأعلام، فهرس للأمم والقبائل، فهرس للبلدان والمواضع، وفهرس لموضوعات البحث وأبوابه التي توجد بداخله، كل هذه أنواع من الفهارس.

تخضع هذه الأنواع من الفهارس لطبيعة البحث، فهناك بحوث لا بد فيها من جميع هذه الفهارس مجتمعة، كالموضوعات التي تتناول المخطوطات العلمية