وعدد الخزائن العلمية اثنتان وستون خزانة، كان منها في الزمن القديم بدور الأكابر وذوي الأقدار خمس وأربعون خزانة كبني العجوز كان جدهم الذي نوه بهم قد رحل إلى عبد الله بن أبي زيد بالقيروان وأخذ عنه جميع تواليفه وقرأ عليه تفقهاً وغيرهم كالقاضي محمد بن عيسى التميمي من أشياخ القاضي أبي الفضل عياض والفقيه القاضي الزاهد محمد بن عبد الله الأموي وقد مر ذكره في المزارات من أشياخه أيضاً، والفقيه المحدث الحسيب أحمد العزفي اللخمي وسواهم، وكان منها في زماننا سبع عشرة خزانة، تسع بدور الفقهاء والصدور، كبني القاضي الحضرمي، وبني ابن أبي حجة، وأشباههم، وثمان موقفة على طلاب العلم، أقدمها الخزانة الشهيرة ذات الأصول العتيقة، والمؤلفات الغريبة، خزانة الشيخ علي الشاري المذكور التي بالمدرسة المنسوبة إليه التي ابتناها من ماله، وهي أول خزانة وقفت بالمغرب على أهل العلم نفعه الله بها، وأعظمها إحدى خزانتي الجامع العتيق