ولد الشيخ حسن حبنكة رحمه الله في العام 1326 هجرية والموافق لعام 1908 ميلادية في دمشق في حيِّ الميدان، المعروف بأصالته العربية، وحبه للدين، ومحافظته على العادات والشيم الرفيعة. ويعود نسب الشيخ إلى عرب بني خالد، وهم قبيلة معروفة من قبائل العرب، ولها منازل في بادية حماة من أرض الشام.
نشأ الشيخ في أحضان عائلة تتصف بالاستقامة والصلاح، فوالده الحاج مرزوق عُرف بتدينه ومواظبته على الطاعات، وحب فعل الخير، والبر بوالديه وبخاصة والدته، التي كان لها الخادم البار في سنيِّ كبرها وعجزها، وكان مواظباً على العبادة في وقت السحر، ويخرج إلى صلاة الفجر مبكراً فيصلي ويجلس للذكر وتلاوة القرآن، وكان ذا رغبة صادقة في أن يكون ولده (حسن) عالماً.
وأما والدة الشيخ فهي الحاجة خديجة المصري، من قرية الكسوة جنوب دمشق، وهي من النساء الصالحات العفيفات، وقد توفيت أثناء عودتها من رحلة الحج عن طريق البحر، مع ابنها الشيخ حسن.