والنياحة ورفع الصوت بالبكاء، ثم دعا بالمقرئ أبي عبد الله خاصته حتى قرأ سورة يس وتغير حاله وطاب وقته وكان يعالج سكرات الموت إلى أن قرأ إسناد ما روي أن رسول الله - صلى الله عليه وسلم - قال: "من كان آخر كلامه لا إله إلا الله دخل الجنة". ثم توفي رحمه الله من ساعته عصر يوم الخميس وحمل جنازته من الغد عصر يوم الجمعة إلى ميدان الحسين الرابع من المحرم سنة تسع وأربعين وأربعمائة، واجتمع من الخلائق ما الله أعلم بعددهم، وصلى عليه ابنه أبو بكر ثم أخوه أبو يعلى، ثم نقل إلى مشهد أبيه في سكة حرب ودفن بين يدي أبيه، وكان مولده سنة ثلاث وسبعين وثلاثمائة، فكان وفاته طاعنا في سبع وسبعين من سنّه (?).
قال ابن عساكر -رحمه الله تعالى-: قال أبو عبد الله الكتبي الحاكم بهراة: سنة تسع وأربعين وأربعمائة ورد الخبر بوفاة الإمام شيخ الإسلام إسماعيل الصابوني بنيسابور في المحرم وكان مولده في سنة ثلاث وسبعين وثلاثمائة. وكان أول مجلس عقده بنيسابور بعد قتل والده أبي نصر في سنة اثنتين وثمانين وثلاثمائة، وسمعته يقول: هراة وسجستان مجمع الأسرة، وبوشنج مقطع المسرة، ونيسابور موضع النصرة، وقال -يعني ابن عساكر-: وذكر غير الكتبي أن مولده ببوشنج ليلة الإثنين للنصف من جمادى الآخرة (?).
قال الذهبي: الإمام العلامة القدوة المفسر المذكر المحدث شيخ الإسلام، ولد سنة ثلاث وسبعين وثلاثمائة، وأول مجلس عقده للوعظ إثر قتل أبيه في سنة ثنتين وثمانين وهو ابن تسع سنين.
وقال: قال أبو بكر البيهقي: حدثنا إمام المسلمين حقا وشيخ الإسلام صدقا