وأمر بصلبهم، واستعمل الأحمر العروى على فاس، واستخلف بها ولده أبا عبد الله سيدى محمد.
وقد ألف الناس في هذه القضية وذهب الكتاب في شرحها كل مذهب، ووقع لبعضهم تخليط واشتباه وعلى ما سقناه وأوضحناه تشد يد الضنين.
هذا وفى السنة نفسها سافر صاحب الترجمة لمراكش، وأخذ معه جماعة من أعيان الودايا، ولما استقر بها قبض عليهم وثقلهم بالحديد وتركهم بسجن مراكش نحو العامين، ثم قطع رأس اثنين منهم كما قطع أربعة من خلاف شاركوا في البغى والشقاق، ثم كتب لعامله على فاس بالقبض على رؤساء الفتنة من أهل فاس والتوجه بهم لسجن مراكش ففعل.
وفى عام 1248 وفد عليه أبو الربيع سليمان بن محمد الشيبى القرشي المكي أحد سدنة بيت الله الحرام، فبالغ في إكرامه ورده ردا جميلا، ولما بلغ في أوبته لطنجة اخترمته المنية بها رحمه الله.
وفى عام 1249 تسعة وأربعين، أصدر أوامره بترحيل الودايا من فاس وتفريقهم على فرق ثلاث: فرقة عين لنزولها ثغر العرائش، وفرقة أنزلها برباط الفتح، وفرقة بوادى نفيس حول الزاوية الشرادية.
وفى عام خمسين ومائتين وألف، كتب ظهيرا شريفا يحض فيه على الاتحاد وجمع الكلمة أمام الخطر الداهم، والجيش المهاجم، ونصه بعد الحمدلة والصلاة والطابع بداخله: "عبد الرحمن بن هشام الله وليه" وبدائرته: "ومن تكن برسول الله نصرته، البيت":
"خديمنا الأرضى القائد مصطفى بن إسماعيل وفقك الله وسددك، وسلام عليك ورحمة الله تعالى.