الرابع عشر من شهر نوفمبر عام 1954 أعفى جمال عبد الناصر محمد نجيب من منصبه، وكان رئيسًا للجمهورية ليصبح عبد الناصر هو رئيس مصر الجديد، أو كما قال كمال الدين حسين وحسن التهامي فرعون مصر الجديد.

وفي الثامن من ديسمبر عام 1954 نفذ جمال عبد الناصر حكم الإعدام في ستة من قادة جماعة الإخوان المسلمين، منهم الشهيد عبد القادر عودة مؤلف كتاب (التشريع الجنائي في الإسلام)، بالإضافة إلى كثير من الاعتقالات التي شملت الآلاف من أعضاء جماعة الإخوان المسلمين، وذلك بعد اتهامهم بالتآمر على قتله في حادثة المنشية بالإسكندرية في العام نفسه، التي قال كثير من الكتاب والمحللين بأن هذه الحادثة كانت مسرحية، دبرها جمال عبد الناصر مع المخابرات المركزية؛ وذلك للتخلص من جماعة الإخوان المسلمين، الذين كانوا يشكلون عقبة كبيرة لحكمه الفردي البعيد عن الدين، ولتلميع شخصيته بصفته زعيمًا وطنيًّا حتى تتعلق به الجماهير.

وفي سنة 1956 كان الاعتداء الثلاثي على مصر، من قبل ثلاث دول: وهي انجلترا، وفرنسا، وإسرائيل، واستمر هذا الاعتداء ولم ينسحب المعتدون إلا بعد أن استولى الجيش الإسرائيلي على شرم الشيخ في سيناء، واستولى كذلك على جزر تيران في البحر الأحمر، وقد شارك جمال عبد الناصر في الحرب اليمنية التي قتل فيها الآلاف من الشعب المصري المسلم، وخسرت فيها مصر الملايين.

وفي عام 1966 أقدم عبد الناصر على إعدام ثلاثة من كبار جماعة الإخوان المسلمين، منهم الشهيد سيد قطب مؤلف (في ظلال القرآن)، وكان قد اعتقل آلافًا منهم في عام 1965.