يمكن تقسيم الأسباب الرئيسية التي أدت إلى هذا الافتراق إلى قسمين:
أسباب داخلية:
أسباب ومؤثرات جنبية خارجية:
أ- فأما الأسباب الداخلية فمن أهمها:
1- اتباع الهوى: فإنه أصل الزيغ ومفارقة الحق1.
2- الجهل: وهو من أعظم الأسباب المؤدية إلى الابتداء والتفرق والاختلاف.
3- الغلو والإفراط: وهو من الأسباب الهامة والعوامل المؤثرة في تكون الفرق واختلافها، ومن شواهد ذلك غلو الشيعة في علي رضي الله عنه، وأئمتهم وقولهم بعصمتهم. ثم غلو الخوارج والمعتزلة في آيات الوعيد، وغلو الجبرية في إثبات القدر.
4- فتح باب تأويل النصوص الشرعية بدون دليل، وهو من أعظم عوامل تفرق الأمم وابتداعها، يقول الإمام ابن القيم: "وبالجملة فافتراق أهل الكتاب وافتراق هذه الأمة على ثلاث وسبعين فرقة؛ إنما أوجبه التأويل، وإنما أريقت