في عام (1945) م أصبحت يوغوسلافيا جمهوريةً شيوعيةً تحت قيادة "تيتو"، وهنا بدأ فصلٌ جديدٌ من العنف والإرهاب ضدَّ المسلمين، فقد خَدَع المقاطعاتِ الإسلاميةَ، ومنَّاها بالاستقلال بعد الحرب، وقاتَلَ المسلمين حتى انتصر الحلفاءُ ومعهم "تيتو"، فكانت المكافأةُ أنِ اعترف "تيتو" بالاستقلالِ الذاتي لجمهوريات يوغسلافيا وبقومياتها ما عدا المسلمين في البوسنة والهرسك، واعتَرف بقوميةِ الصِّرب والكروات، وتجاهَلَ قوميةَ البشناق المسلمين .. كان الجميعُ يتمتعُ بحرياتِ شخصيةٍ ما عدا المسلمين الذين كانت تُقام ُلهم المجازرُ بلا سبب، وكان يزجُّ بهم في السجون بتُهَمٍ مُفتَعَلة، ففي سنة (1947 م) حَكم على اثنَيْ عَشَرَ عالِمًا بالسَّجن مُددًا تتراوحُ بين سنتين وخَمْسَ عَشْرةَ سَنةً مع مصادرة أملاكهم.
وفي سنة (1949 م) حُوكم بعضُ الشباب المسلم بتهمةِ "محاولة قَلبِ نظام حكم تيتو"، وأُعدم منهم مَن أُعدم، وسجن كثير منهم حيث قاسُوا داخلَ السجون صنوفًا من العذاب، فأُصيب بعضهم بالجنون والبعضُ الآخر بالعَمَى، أو تكسير العظام، وكلُّ ذنبِهم أنهم تنادَوا فيما بينهم بإقامة شعارِ الإسلام وتركِ الإلحاد (?).
وفي ظل الحكم الشيوعي أُلغي ما كان يُسمَّى بمجلس العلماء المسلمين في كلٍّ من سيراييفو واسكوب والجبل الأسود وبني بازار.