وقضية التكفير هي النواة التي نشأ منها مذهبهم، وعنه تفرعت بدعهم الأخرى، فزعموا أن مرتكب الكبيرة كافر، فكفروا المسلمين بالذنوب والخطايا، وفرعوا على ذلك استباحة دمائهم، ثم الحكم بخلودهم في النار وعدم خروجهم منها، وعدم قبول شفاعة الشافعين فيهم، وقد ذكر ابن تيمية أن أول بدعة ظهرت في الإسلام بدعة تكفير المسلمين واستحلال دمائهم وأموالهم (?).
ومن قضايا التكفير الأولى التي تبناها الخوارج تكفير من لم يحكم بما أنزل الله تعالى، وهي سبب خروجهم على أمير المؤمنين علي بن أبي طالب - رضي الله عنه - بعدما قبل التحكيم بينه وبين أهل الشام في وقعة صِفِّين (?)، فخرجوا عليه، وقالوا: حكمت الرجال! ، واعتزلوا في مكان يسمى حروراء (?)، وأجمعوا على قتاله - رضي الله عنه - في قصة طويلة، لكن شاهدها هنا أنهم تعلقوا ببعض النصوص القرآنية، فبعث إليهم ابن عباس ليناظرهم فيما احتجوا به، فجاءهم وناظرهم، وكان مما نقموا به على علي - رضي الله عنه - أنه قبل بالتحكيم، وقالوا لابن عباس - رضي الله عنهما -: «إنه حكم الرجال في أمر الله، وقد قال