"موافق الموافقات" ثم شرح المنظومة وسمي الشرح "المرافق على الموافق". وطبع هذا الشرح وصدر بفاس عام 1324هـ.
الاعتصام: في جزئين، وهو في البدع والمحدثات. عالج موضوعه بمنهاج أصولي رصين، وضمنه مباحث نفيسة في أصول الفقه كمبحث المصالح المرسلة والاستحسان1. وقد نشره لأول مرة الشيخ محمد رشيد رضا، وقدم له، وراجع نصوصه. وهي مراجعة مستعجلة غير كافية. وقد ذكر في نهايته أنه لم يتمه.
الإفادات والإنشادات2: "فيه طرف وتحف وملح أدبية وإنشادات" وقد حققه -كما تقدم- الأستاذ أبو الأجفان، وصدر منذ بضع سنوات.
هذا كل ما هو مطبوع ومعروف اليوم من مؤلفات الشاطبي. أما "فتاوي الإمام الشاطبي" التي جمعها وحققها الأستاذ محمد أبو الأجفان، فليست مؤلفًا للشاطبي، وإنما هي فتاوٍ متفرقة أجاب بها الشاطبي سائليه، وسجلت هنا وهناك من كتب النوازل، وفي مقدمتها معيار الونشريسي.
ب- غير المطبوعة:
أما كتبه غير المطبوعة، فأكثرها لا يذكر له اليوم وجود.
ولعل أهمها هو: "كتاب المجالس" الذي شرح فيه كتاب البيوع من صحيح البخاري. وأهمية هذا الكتاب تتجلى فيما قاله عنه صاحب "نيل الابتهاج": "فيه من الفوائد والتحقيقات ما لا يعلمه إلا الله". وتتجلى أيضًا في كونه الكتاب الوحيد الذي يذكر للشاطبي في الفقه. ومن هنا أظن أن منزلته ستكون مباشرة بعد منزلة "الموافقات"؛ فهذا في الأصول ومقاصد الشريعة، والآخر في التطبيق الفقهي.