وقد شكل بيجين منظمة الإرجون التي تميزت عملياتها بالسعي المتعمد لإرهاب العرب وإخراجهم قسراً من فلسطين، أما عملياتها ضد بريطانيا فكانت محدودة، ولكن بيجين، مع هذا، يضخمها ويجعل منها أساطير وملاحم. وقد سببت تصرفات الإرجون بقيادة بيجين ضد حكومة الانتداب بعض الحرج للوكالة اليهودية (ورجال الهاجاناه) فهؤلاء كانوا على اتصال بحكومة الانتداب البريطاني يتلقون مساعداتها وينسقون معها للاستيلاء على فلسطين. فالوكالة اليهودية كانت لا تمانع في ممارسة ضغوط ضد حكومة الانتداب ولكن بأساليب أخف مما كان بيجين يريد، وبشكل أكثر مراوغة وصقلاً.

ولكن التناقض الحقيقي بين الهاجاناه والإرجون لم يبدأ إلا حينما حاول بيجين إنشاء سلطة موازية لسلطة بن جوريون، فاستخدم بن جوريون القوة العسكرية المباشرة ضد الإرجون، ثم قام بضم مقاتليه إلى القوات النظامية للجيش الإسرائيلي.