وفي عام 1901، أسَّست المنظمة الصندوق القومي اليهودي (كيرين كايميت) بهدف توفير الأموال اللازمة لشراء الأراضي في فلسطين ونص القانون الأساسي لهذا الصندوق على اعتبار الأراضي التي يشتريها ملكية أبدية للشعب اليهودي لا يجوز بيعها أو التفريط فيها. كما حصلت المنظمة على امتياز مجلة دي فيلت لتكون لسان حال المنظمة.

وقد نمت المنظمة الصهيونية خلال سنواتها الأولى. فمع انعقاد المؤتمر الصهيوني السادس عام 1903، بلغ عدد الأعضاء المشاركين فيه 600 عضو، وازداد عدد الجمعيات الصهيونية إلى 1572 جمعية موزعة على بلاد مختلفة. وقد وصل الأعضاء عشية الحرب العالمية الثانية (1939) إلى مليون عضو. وفي عام 1946، كان عدد دافعي الشيقل 2.159.840 (ولكن يجب مراعاة أن عضوية المنظمة بالنسبة لكثير من الصهاينة لا تتجاوز حرفياً دفع الشيقل، ولا تعني بالضرورة القيام بأي نشاط آخر)

وقد انتقل مركز المنظمة من عاصمة إلى أخرى. فبعد وفاة هرتزل، انتقل مكان وجود رئيس المنظمة من فيينا إلى كولونيا، وهو مقر ديفيد ولفسون في الفترة 1905 ـ 1911، ثم إلى برلين في ظل رئاسة أوتو واربورج (1911 ـ 1920) . وبعد صدور وعد بلفور، انتقل مركز المنظمة إلى لندن: مركز الثقل الإمبريالي في العالم (وكان ذلك يعني الارتباط بالإمبريالية البريطانية وتوقيع العقد الصامت مع الحضارة الغربية) . وظل مركز المنظمة في لندن إبان رئاسة حاييم وايزمان (1920 ـ 1931) ثم ناحوم سوكولوف (1931 ـ 1935) في عام 1936، وبعد استقرار المؤسسات الاستيطانية في فلسطين التي وُضعت تحت حكم الانتداب عام 1921، انتقلت المنظمة إلى القدس وإن ظلت لندن مقر رئيس المنظمة وبعض أعضاء اللجنة التنفيذية.