كتب يوسيفوس كل مؤلفاته في روما ومن أهمها كتاب الحرب اليهودية الذي كتبه بالآرامية وأشرف بنفسه على ترجمته إلى اليونانية عام 77 م وقد فُقدت النسخة الآرامية ولم يبق سوى الترجمة. والهدف من هذا الكتاب إقناع يهود بابل بقوة روما وإظهار براءة الرومان أمام اليهود، فبين على سبيل المثال أن الهيكل قد أُحرق بدون أمر تيتوس. كما استهدف الكتاب الدفاع عن اليهود أمام الرومان وإظهار براءة اليهود وكذلك تبرير انشقاقه على بني جلدته. وقد صوَّر يوسيفوس الحرب اليهودية (من وجهة نظر فريسية) باعتبارها حرباً من صنع بعض المهووسين من الغيورين، فهي حرب لم يردها اليهود قط. والغيورون من وجهة نظره ليسوا يهوداً أصلاً، فقد دنسوا الهيكل وكانوا يحتقرون الشريعة. لقد فُرض التمرد إذن فرضاً على اليهود من قبل جماعة من اللصوص لم تترك إثماً دون اقترافه.

أما كتابه الضخم قدَم اليهود فقد كتبه يوسيفوس (عام 93م) لأغراض إعلامية إن صح التعبير، فهو كتاب يسرد تاريخ اليهود من بدء الخليقة حتى التمرد اليهودي، يدافع فيه عن اليهود وشرائعهم وتقاليدهم بالبراهين العقلية، ويصف عاداتهم وأخلاقهم بطريقة تحبِّبها إلى النفس وتلائم فيما بينها وبين الثقافة الهيلينية المعاصرة، كما يحاول أيضاً في كتابه هذا أن يبرئ نفسه من تهمة الخيانة التي لصقت به. ويعد كتابه، بهذا، من أهم الاعتذاريات اليهودية.