لكن بروير وجد المناقشات مع المرضى حول التفاصيل الشخصية والجنسية لحالتهم أمراً محيراً وغير واضح. على عكس فرويد الذي وجد في أقوال مرضاه وردود أفعالهم مفاتيح يمكن استخدامها في العلاج. وقد أدَّى عدم اقتناع بروير بما يقوله فرويد عن الدور الحاسم للجنس في المرض النفسي إلى قطيعة بين الاثنين عام 1896 (وهذا نمط سنلاحظه في حياة فرويد: إصراره العقائدي على الواحدية الجنسية كنموذج تفسيري، ورفض كل اعتراض على هذه الواحدية، مثل موقفه مع يونج وأدلر فيما بعد، اللذين شككا في هذه الواحدية التفسيرية) .

وشهد عام 1900 إنجاز فرويد كتابه الأم تفسير الأحلام ويمثل هذا الكتاب نقطة تحول درامية مهمة في حياته إذ يطرح فيه أول ملامح نظريته النفسية، ويتحدث عن بناء الجهاز النفسي وتقسيمه إلى مناطق سماها الشعور واللاشعور، وعن نظريته في الكبت. ويذخر الكتاب بأحلام فرويد وأحلام غيره محللة بطريقته التي أسماها «التداعي الطليق» ، كما قدَّم في هذا الكتاب مفهوم مُركَّب أوديب.

وشهد عام 1904 صدور كتاب علم أمراض النفس في الحياة اليومية، كما صدر في العام الذي يليه كتاب النكتة وعلاقتها باللا شعور. وبيَّن فرويد في هذين الكتابين أن الحيل التي وجدها في العصاب والأحلام تعمل أيضاً في كثير من زلات القلم أو اللسان أو اليد أو الذاكرة التي تصادفها في الحياة اليومية والتي تُعزَى عموماً إلى «الصدفة» أو التداعي الخاطئ أو إلى بعض العوامل العامة كالتعب. والأمر نفسه يسري على القفشات والنكت والفكاهات.

وفي عام 1905 صدر كتاب ثلاث مقالات في النظرية الجنسية (الذي يُعدُّ أهم أعماله) حيث يطرح ملامح نظريته النفسية بشكل أوَّلي، ويتحدث عن الثنائية الجنسية والجنسية الطفلية ومراحل تطور النفس البشرية (المرحلة الفمية ـ المرحلة الشرجية ـ المرحلة القضيبية ـ فترة الكمون) .