ومحاكم التفتيش أسوأ وصمة عار ارتكبها رجال الدين في حق العلم التجريبي والفكر الحر والناس عموما، فلقد كان الجهل والغباء والعناد سمة عقول الباباوات وأعضاء مجالسهم ينظرون إلى كل جديد بعين الريبة والتخوف على مراكزهم الدينية أن تذهب بها فكرة أو حركة أدراج الرياح ليقينهم بأنها قائمة على شفا جرف هار لذلك طلب الراهب " ثور كماندا" إنشاء التفتيش لمقاومة العلم والفكر الحر والنظريات العلمية وكل من يخالفهم، فتم ذلك الكابوس فعاش رجال الفكر في خوف شديد ولم يجرؤ الكثير منهم أن يعلن نظرياته واكتشافاته خوفا من سلطة الكنيسة التي كانت لا ترحم أحدا خالف ما قررته. ولقد كانت تلك المحاكم سيفا مسلطا على رقاب أصحاب الفكر وعلى المسلمين بعد ذلك بخصوصهم فحكمت في المدة من عام 1481م – 1499م أي في حدود ثمانية عشر عاما على عشرة آلاف ومئتين وعشرين شخصا بأن يحرقوا وهم أحياء فأحرقوا وعلى ستة آلاف وثمانية وستين بالشنق فشنقوا وعلى سبعة وتسعين ألفا وثلاثة وعشرين شخصا بعقوبات مختلفة فنفذت (?) "

وكان أبرز العلماء الذين حاكمتهم الكنيسة في العصور الوسطى " جاليليو" الذي قال "بدوران الأرض حول الشمس" وقال كذلك "بأن السماء أكثر من سبعة كواكب " مخالفا ما جاء في رؤيا يوحنا في سفره الذي اضطره البابا " أريان الثامن" إلى أن يجثو على ركبتيه وهوفي السبعين من عمره وأن يعلن عن رجوعه عن آرائه وأنها هرطقة. وصفة اعترافه هكذا " أنا غليليوفي السبعين من عمري سجين جاث على ركبتيه وبحضور فخامتك وأمامي الكتاب المقدس الذي ألمسه الآن بيدي أعلن أني لا أشايع بل ألعن وأحتقر خطأ القول وهرطقة الاعتقاد أن الأرض تدور" (?) ومثله " بافون" الذي أعلن عن رجوعه عن رأيه في تكوين الأرض مما يخالف ما جاء في قصة موسى. وصفة رجوعه " أعلن إقلاعي عن كل ما جاء في كتابي خاصا بتكوين الأرض" وحمله عن كل ما جاء به مخالفا لقصة موسى (?)