تعود طائفة الختمية في أصولها القريبة إلى السيد/محمد عثمان الميرغني " الختم "، (الذي ينحدر من أسرة الأشراف يقال أنها هاجرت من الحجاز في أزمان سابقة إلى تركستان ثم إلى الهند وعادت أخيرا حيث استقر بها المقام في الحجاز. ورغم اشتغال بعض أفراد الأسرة، وشهرتهم بالعلم وتصدرهم للتدريس والإفتاء بالحرم المكي، فإنه قد غلب عليهم الميل إلى التصوف وسلوك طريقة المتصوفة. فقد كان السيد عبد الله الميرغني المحجوب (1207 أو 1208هـ/1792/ 1793م) جد السيد محمد عثمان (الختم) عالما وصوفيا مشهورا، نسبت إليه العديد من المؤلفات، من بينها كتاب (فرائض الدين وواجبات الإسلام لعامة المؤمنين)، و (الفروع الجوهرية في الأئمة الإثني عشرية)، و (المعجم الوجيز في أحاديث النبي العزيز)، و (كنوز الحقائق)، و (البدر المنير)، و (مشارق الأنوار في الصلاة على النبي المختار)، وجمع شعره في ديوانين أحدهما: (العقد المنظم على حروف المعجم)، والثاني: (عقد الجواهر في نظم المفاخر)، وغيرها من المؤلفات التي تغلب عليها النزعة الصوفية، وقد أشاد الجبرتي بمناقبه وعلمه وزهده ونسب إليه بعض الكرامات (?). كما كان عم المترجم له، السيد محمد ياسين الميرغني (1255) عالما وفقيها ورعا زاهدا، أتقن علم الفرائض وألف العديد من الكتب، ودرس بالمسجد الحرام الحديث والفقه، وعرض عليه منصب الإفتاء بمكة فلم يقبله لشدة ورعه (?). وكان أخوه السيد عبد الله الميرغني (ت 1273هـ) مفتيا في مكة (?).