ولم ينسحب من المحفل بل كان من الأعضاء البارزين ذوي النشاط فيه ولذا تم اختياره بعد سنوات ثلاث رئيسا للوج كوكب الشرق بتاريخ 7 مايو 1878م بأغلبية الآراء ووجهت له دعوة بهذا التاريخ لاستلام القادوم بعد إتمام ما يجب من التكريز الاعتيادي والحضور بالزي الرسمي الماسوني الأسود ورباط الرقبة والكفوف بيضاء. ولم يكتف السيد الأفغاني بل ازداد نشاطه في ميدان الماسونية فاعتزل هذا المحفل الاسكتلندي وأنشأ محفلاً وطنياً تابعاً للشرف الفرنساوي وفي برهة وجيزة بلغ عدد أعضائه العاملين أكثر من ثلاثمائة" (?).ولم يزل يبذل جهوده في هذا الميدان حتى صدر الأمر بنفيه في 6 رمضان سنة 1296هـ 24 أغسطس 1879م وجاء في القرار "أنه رئيس جمعية سرية من الشبان ذوي الطيش مجتمعة على فساد الدين والدنيا" (?). وكتب إلى بعض الشخصيات من غير أن يذكر اسما يستنجد بها مما حل به ويزعم أنه مظلوم فيما نسب إليه.

ونفي من بعده تلميذه وأحد أعضاء محفله الشيخ محمد عبده ووجد في منزله كتاب (الماسون) بخط السيد الأفغاني كما اعترف بهذا الشيخ نفسه في خطاب منه إلى أستاذه الأفغاني.

ولم ينقطع نشاط السيد الأفغاني الماسوني بعد نفيه من مصر فإن التاريخ يحدثنا أنه في "جمادى الأولى سنة 1303هـ سافر السيد إلى البلاد الإيرانية بدعوة من الشاه ناصر الدين فنال مكانة سامية وتزاحم حوله الأمراء والمجتهدون والكبراء وتمكن من نظم كثير منهم في سلك الماسونية".

وكان له نشاط ماسوني في فرنسا أيضاً حيث قدم طلباً للعضوية في اللوج باريس وتم قبوله.

وإذا ثبت بما لا يقبل الشك انتماء السيد الأفغاني للماسونية، وثبت أن الماسونية وليدة الصهيونية العالمية وسبيل من سبلها لتحقيق أهدافها في هدم الأديان والسيطرة على العالم فإن الواجب تقصي الحقائق في سيرة الرجل الأفغاني والبحث عن حقيقة أهدافه.