وسنعتمد بدراسة الفكر التربوي للشيخ محمد الخضر حسين على المدونة التالية:

1 - "رسائل الإصلاح".

2 - "الدعوة إلى الإصلاح".

3 - "تونس وجامع الزيتونة".

4 - "الرحلات".

5 - مجلة "الهداية الاسلامية" الجزء 10 و 11 من المجلد التاسع، والجزء الثاني من المجلد الثالث عشر.

6 - مجلة "السعادة العظمى" العدد 7.

للشيخ محمد الخضر حسين مجالان أساسيان في الإصلاح التربوي، وكلاهما يتبع المجال الديني، وهما: الإصلاح التربوي الأخلاقي، والإصلاح التربوي العقلي.

نقد الشيخ محمد الخضر حسين التعليم الديني على عهده تحت عنوان: (عيوب التعليم الديني الحاضر).

في نظر الشيخ الخضر، المثالبُ والنقائص التالية في التعليم على عهده بمصر: - وأكتفي بأن أقرأ عناوين هذه النقائص-

1 - ضآلة المحتوى في التعليم الديني.

2 - عدم اعتبار المادة الإسلامية مادة أساسية.

3 - سوء العناية بمادة القرآن الكريم.

4 - عدم الاهتمام بالسيرة النبوية، وبالتاريخ الإسلامي.