الشيخ الخضر حسين هو محمد الخضر بن الحسين بن علي بن عمر، وهو جزائري الأصل، ولكنه ولد في تونس؛ لأن والده انتقل إليها مهاجراً بسبب دخول فرنسا جهة "بسكرة" بعد حرب دامت سنوات مع أهل الجزائر. وقد ولد سنة (1293 هـ - 1873 م) في بلدة "نفطة" في إقليم "الجريد" بتونس، وحفظ القرآن في البيت وهو صغير، ثم دخل جامع الزيتونة الذي يشبه الأزهر. ونال شهادة مشابهة للشهادة العالمية الأزهرية، وبعد تخرجه أصدر مجلة "السعادة العظمى" التي كانت أول مجلة أدبية علمية أنشئت في المغرب العربي.
ثم تولى القضاء في مدينة "بنزرت"، ولم يطل عهده في القضاء؛ لأنه حال بينه وبين الدراسة العلمية الواسعة، ثم اشتغل بالتدريس في جامع الزيتونة، وفي المدرسة الصادقية، وبقي في التدريس خمس سنوات، واشتغل أثناء ذلك