تجنس السيد محمد الخضر حسين التونسي بالجنسية المصرية، والسيد الخضر من أشراف تونس، وقد اشتهر أهله بالفضل والعلم والدين.
وجدّه لأمه محمد بن عزوز، أخذ طريقة الشيخ الحفني الكبير شيخ الطريقة الخلوتية، عن الشيخ محمد بن عبد الرحمن الأزهري تلميذ الشيخ الحفني، وعنه أخذ جده لأبيه الشيخ علي بن عمر، فكان خليفة هذه الطريقة في المغرب.
ولد السيد الخضر بمدينة "نفطة"، وحفظ القرآن الكريم صغيراً، ثم انتقل مع والده إلى مدينة تونس، ودرس في جامع الزيتونة، ونال شهادة العالمية (?) وهو في الرابعة والعشرين من سني حياته، ثم سافر إلى طرابلس الغرب، وعاد إلى تونس، وأنشأ مجلة "السعادة العظمى"، وهي أول مجلة عربية دينية ظهرت في تلك البلاد. فأقبل عليها العلماء، ونشّطه أهل الفضل،