منها ثلاثة أجزاء، وتتناول جملة كبيرة من بحوثه في الدين والأخلاق، والتراجم والتاريخ، وأصول الفقه، والأحكام العملية، والسيرة النبوية. وقد طبع هذه الأجزاء في القاهرة بدءاً من عام 1938 م.

ثم طبعه ابن أخيه بعد وفاته بعد تغيير في ترتيبه:

"الحرية في الإسلام" طبع في تونس سنة 1909 م، ثم طبع في تونس -أيضاً- سنة 1972 م ضمن منشورات دار المغرب العربي:

"الدعوة إلى الإصلاح" تونس 1910 م، ثم أعيد طبعه منقحاً في القاهرة سنة 1921 م.

"طائفة القاديانية" القاهرة 1932 م.

"علماء الإسلام في الأندلس" القاهرة 1928 م.

و"نقض كتاب الإسلام وأصول الحكم" الذي مر ذكره.

وثمة كتاب عنوانه: "تراجم الرجال" تونس 1972 م مجموعة مقالات ترجم فيها لعدد من أعلام الإسلام.

كتب عن الشيخ محمد الخضر الحسين كلٌّ من: أحمد تيمور، الفاضل ابن عاشور، حسن حسني عبد الوهاب، أبو القاسم محمد كرو، محمد مواعده، والأخيران خصَّه كلُّ واحد منهما بكتاب يرأسه.