الضباط الأحرار بمصر، وإلغاء الملكية، تقرر تعيين الشيخ محمد الخضر حسين شيخاً للأزهر الشريف، فأبدى الشيخ امتناعاً في البداية، وذلك لخطورة وأهمية المسؤولية، لكنه قبلَ بها بعد إلحاح السيد حسن الباقوري وزير الأوقاف المصري، قائلاً: "هذا أمر تجنيد، وفي هذا العهد المبارك تجند الكفاءات النزيهة لخدمة مصر"، فأجابه الشيخ بعد قبوله: "وأنا لا أهرب من الجندية، ويوفق الله"، ولا شك أنه تذكر حينها والدته التي كانت تداعبه وهو صبي، وهي تقول له بالعامية: "لخضر يا لخضر، تكبر وتولي شيخ الأزهر"، بعدها بسنتين أحس شيخنا بالتعب والكلل؛ مما منعه من أداء واجبه، فقدم استقالته سنة 954 أم ليتفرغ بعد ذلك للحياة الثقافية.

* من مؤلفاته وآثاره (المطبوعة):

1 - "الحرية في الإسلام" تونس 1909 م.

2 - "نقض كتاب الإسلام وأصول الحكم" القاهرة 1926 م.

3 - "نقض كتاب الشعر الجاهلي" القاهرة 1927 م.

4 - "الدعوة إلى الإصلاح" القاهرة 1928 م.

5 - "علماء الإسلام في الأندلس" القاهرة 1928 م.

6 - "القياس في اللغة العربية" القاهرة 1935 م، وقد طبع بالجزائر كذلك.

7 - ديوان شعر بعنوان "خواطر الحياة" القاهرة 1953 م.

8 - "دراسات في العربية وتاريخها" دمشق 1961 م.

9 - "رسائل الإصلاح" دمشق 1971 م.

10 - "الشريعة الإسلامية صالحة لكل زمان ومكان" دمشق 1971 م.

11 - "بلاغة القرآن" دمشق 1971 م.