كان من أعزّ أقرانه إليه الشيخُ الإمام محمد الخضر حسين، الذي زامله في الزيتونة دراسة، وتوجّهاً فكرياً؛ إذ انعقدت بينهما صداقة بدأت سنة (1317 هـ = 1899 م)، كان يحوطها العلم والفكر، وتحمل في طيّاتها روحَ الصفاء، ولهجَةَ الصدق، وكان في محطّات حياتهما كثير من التشابه، فالشيخ محمد الطاهر بن عاشور تولّى مشيخة الجامع الزيتوني، وتولَّى الشيخ محمد الخضر حسين مشيخة الجامع الأزهر، وهو أوّل من يتولَّى هذا المنصب من غير مصر، ومن مظاهر التشابه بينهما: أنهما كانا من المعتنين بالأدب، إضافة إلى عنايتهما بالعلوم الشرعية، وكان ذلك نادراً بين أقرانهما، كما تولَّى الاثنان الردّ على الشيخ علي عبد الرازق في كتابه "الإسلام وأصول الحكم"، كما دعا كلاهما إلى اعتماد الإصلاح والنظام الاجتماعي، فكتب محمد الخضر حسين: "رسائل الإصلاح "، وكتب ابن عاشور: "أصول النظام الاجتماعي في الإسلام".
وهذه العلاقة جسّدها الرجلان بقصائد ومراسلات.