فأصدرت السلطة الفرنسية حكماً عليه بالإعدام غيابياً بتهمة تحريض المغاربة على الثورة، والانقلاب على المستعمر الفرنسي، وحجزت أملاكه في تونس - على قلتها -.

كتب "مشاهد برلين" (?) مذكراته عن تلك الحقبة، وهي مختصرة، ولم يعثر المحقق علي الرضا الحسيني على المذكرات الكاملة.

* الإمام في القاهرة:

المرحلة الثالثة في رحلة الإمام محمد الخضر حسين، وهي مرحلة الاستقرار من عام 1920 - 1958 م، وهذه المرحلة أطلق عليها العلامة محمد الفاضل بن عاشور "مرحلة المجد الثقافي والشهرة العلمية".

ارتقى فيها الإمام إلى أعلى مراتب العلمية:

- بدأها في عمله في التصحيح بدار الكتب المصرية.

- تشكيل الجمعيات الإسلامية والوطنية: جمعية الشبان المسلمين - جمعية الهداية الإسلامية - جمعية تعاون جاليات أفريقية الشمالية - جبهة الدفاع عن أفريقية الشمالية، وألقى المحاضرات القيمة فيها.

- تأسيس وإصدار وتحرير المجلات: "نور الإسلام" - "الهداية الإسلامية" - "لواء الإسلام".

- تصدِّيه وردوده المتعددة، ولا سيما على طه حسين، وعلي عبد الرازق، وغيرهما، وقد أكسبته الشهرة الواسعة.

- نشاطه اللغوي في (مجمع اللغة العربية).

- تدريسه في كليات (الجامع الأزهر).