المكي بن عزوز، ومحمد البشير الفورتي، ومحمد الشريف، ومحمد صالح الشريف، وأحمد بو خريص، ومحمد العزيز الوزير، وإسماعيل الصفايحي، وعلي الشنوفي، ومصطفى بن خليل، ومصطفى رضوان، وحسين بن حمد، ومحمد جعيط، ومحمد النجار، وأحمد بن مراد، وعمر بن الشيخ، وسالم بو حاجب، وغيرهم.
وحصل على شهادة التطويع (?) يوم الأحد 14 من صفر الخير عام 1316 هـ.
أما الشيوخ الذين كان لهم الأثر الأكبر في حياته - كما يقول الإمام بنفسه - فهم: خاله الشيخ محمد المكي بن عزوز، وسالم بوحاجب، وعمر ابن الشيخ، وقد نوَّه في كثير من مقالاته إلى هذا الأثر والفضل.
هاجرت أسرة الإمام محمد الخضر حسين إلى دمشق سنة (1329 هـ - 1911 م)، والتحق بها في (4 شعبان 1330 هـ - 18 جويلية تموز 1912 م)، ودامت رحلته (?) مدة أربعة أشهر، وستة أيام، وعاد إلى تونس في 24 نوفمبر تشرين الثاني 1912 م، وأقام فيها مدة زاول خلالها نشاطه الثقافي، ولم تطب له الإقامة مجدداً؛ لظروف عديدة، فقرر الانتقال نهائياً إلى دمشق في شهر ديسمبر كانون الأول 1912 م، وكانت سنّه تُناهز الأربعين، وتكونت شخصيته من حيثُ العلمُ والمعرفة، وسبقته شهرته إلى دمشق، فاستُقبل بها بالتكريم والتقدير.