168 هـ/ 785 م ضد إمارة مصعب، الذى ذاعت شهرة حكمه السيئ لإقليم الجزيرة وتطور أمر هذه الثورة حين رفض جند الفسطاط الوقوف إلى جانب مصعب وقتل الثوار له. وترك لصاحب الشرطة عمرو المعافرى أمر إقرار النظام فى البلاد. كذلك شهدت هذه الفترة ثورات المزارعين الأقباط المستمرة، احتجاجًا على المعاملات المالية السيئة.

وفى أواخر القرن الثانى/ الثامن الميلادى، عانى الإقليم من زيادة الضرائب التى فرضتها بغداد عليه. وبعد وفاة هارون الرشيد سنة 193 هـ/ 809 م، دخلت الولايات فى حالة فوضى بما فيها مصر، وقبل وفاة الرشيد بفترة قصيرة، قامت قوات خراسانية تحت قيادة السرى بن الحكم بالقدوم إلى مصر، وأحرزوا السلطة فى الفسطاط سنة 200 هـ/ 815 م، لكنهم وجهوا بمقاومة من قبل القائد المحلى عبد العزيز الجروى. ومما زاد من تعقيد الأمور، احتلال ثوار الربض الأندلسيين، الذين طردهم الأمير الأموى الحكم من الأندلس لدينة الإسكندرية. ولم يستعد العباسيون الإسكندرية من أيدى هؤلاء المهاجرين، قبل سنة 211 هـ/ 826 م على يد عبد اللَّه بن طاهر، وقد طردوا منها ليستقروا فى جزيرة كريت.

وأثرت الحرب الأهلية، بشدة على مصر الإسلامية، إذ حطمت هناك سلطة وجوه القوم المحليين واكتمل ذلك حين أسقط العرب من الديوان سنة 218 هـ/ 832 م وحُرموا من العطاء. وصارت القوة فى مصر فى يد مجموعة من الأشخاص العسكريين، القادمين من الخارج، بعض هؤلاء الرجال كان تركى الأصل والبعض الآخر أرمنى الأصل، خدموا كمساعدين لشخصيات البلاط الهامة فى بلاط سامرا. وأعطى سوء الأحوال فى مصر، وإجراءات ابن المدبر المالية المجحفة الفرصة للحكام الطامعين فى احتفاظهم بخراج مصر ودخلها لأنفسهم لاستخدامها فى بناء قوتهم العسكرية. وبهذه الطريقة نجح أحمد بن طولون، النائب عن عمه، الذى بقى فى سامرا، فى حكم مصر، وفى إحراز السلطة بها.