"الصفاريين" الذين اقتلعوهم منها، فضلوا أن يجعلوا عاصمتهم فى نيشابور، بالرغم من أن "مرو" ظلت هى المركز التجارى الرئيسى لخراسان واستمر ازدهارها تحت حكم "السمانيين". بيد أن الاضطرابات التى جرت فى خراسان خلال العقود الأخيرة من حكم "السمانيين". حينما وقع الصراع بين القادة العسكريين طمعًا فى السلطة، أثرت بالسلب على ازدهار "صرو". وأصاب الخراب ثلث "الربعى" (المدينة الخارجية)، ودُمرت القلعة أيضًا، علاوة على أن الصراع الطائفى والشقاق الحزبى، كان قد استشرى فى المدينة، والذى يبدو أنه تفشى إلى المدن من خراسان فى ذلك الوقت.

بيد أن "مرو" عادت إلى الانتعاش من جديد تحت حكم السلاجقة، فقد غيرت ولاءها من الغزنوية إلى التركمانية فى سنة (428 هـ/ 1037 م) وأصبحت عاصمة "كاجرى بيج داوود" حاكم النصف الشرقى للإمبراطورية السلجوقية المؤسسة حديثًا.

ومنذ سنة 1110 م والتى أصبح فيها "سنجر" نائب الملك فى الشرق، قام والد الأخير ملكشاه ببناء سور طوله 12300 خطوة حول المدينة، والتى تحملت فى عهد "سنجر" هجمات من مختلف أعداء السلاجقة، مثل "خوارزم شاه أتسيز"، والذى أغار على "مرو" فى سنة (536 هـ/ 1141 م) وحمل معه خزانة الدولة. وبنى سنجر فى "مرو" ضريحه الشهير الذى يبلغ ارتفاعه 27 مترًا على مساحة مربعة، وأسماه "دار الآخرة" وفى خلال حكم "سنجر" أحكم السلاجقة السيطرة على التركمانيين فى السهوب المحيطة "بمرو" عن طريق الشرطة الرسمية، ولكن فى سنة (548 هـ/ 1153 م). تمرد "الغز" ضد هذه السيطرة، وهزموا "سنجر" ووقعت "مرو" فى أيدى البدو الذين تمسكوا بها مع "بلخ" و"السرخس" إلى أن فرض "الخوارزمشاهيون" حكمهم على شمال خراسان. وقاست "مرو" الويلات فى زمن الغزوات المغولية الأولى، حينما أطاحوا بحكم الخوارزميين، فقد نهبها