تركيا. ولكن سرعان ما دب الخلاف بين العلماء -مع استمرار تفتت قياداتهم- والدولة بسبب الاتجاه للتحديث والمركزية والعلمانية، وفصل الدين عن السياسة. وتشبه مواجهته الصلبة ضد السيد حسن مداريس (الذى نفى ثم قتل عام 1936 م) بالمواجهة التى جرت بين الشاه محمد رضا بتلوى وآية اللَّه كاشانى (متوفى 1962 م) والسيد محمد بهبهانى (ابن الزعيم الدستورى الكبير البهبهانى).

وأخيرا مع ظهور مدينة قم كمركز علمى فى 1920 م، التفت المؤسسة الدينية تحت قيادة آية اللَّه بروجيردى (المتوفى 1961 م) والذى أصبح مرجع التقليد الأوحد. وبعد وفاته وتفتت القيادة الدينية، التفت مرة أخرى حول آية اللَّه الخُمينى، بما يتمتع به من نفوذ سياسى، فقد كان خصما قويًا للشاه، واستطاع مواجهة نظام الحكم البهلوى مواجهة حاسمة، اشعلتها سياسة القمع التى انتهجها الشاه ضد العلماء والمراكز التعليمية فى مشهد وقم، إلى أن انتصرت الثورة الإسلامية. وبعدها لم تستمر علاقة الخُمينى بالطبقة المثقفة ثقافة غربية، وبعض الذين عارضوا الاستغراب بل والعلماء الذين عارضوا آراءه عن ولاية الفقيه التى صاغها الخُمينى، وجعلها إحدى مؤسسات جمهورية إيران الإسلامية تمثلت فى عزل شريعة مدارى من منصب آية اللَّه العظمى عام 1982 م، فى أسوأ أزمة تشهدها المؤسسة الدينية الشيعية. ومنذ انتهاء الحرب العراقية الإيرانية، ووفاة الخُمينى، والنزاع حول الزعامة الدينية لم يزل قائمًا. مجتهدى الامامية فى الهند، وكان على أثر إعلان المذهب الشيعى كمذهب رسمى فى إيران، أن أصبحت الأسرة العادل شاهينية فى بيجابور (895 - 1097 هـ/ 1490 - 1686 م) أول أسرة شيعية فى الهند وذلك فى 908/ 1503. ومن أهم الأسر الأخرى الأسرة القطب شاهينية فى جولكوندا (901/ 1496 - 1098/ 1687).

وقد قام العلماء الشيعيون الفارون من إيران بنشر المذهب فى الهند. وتحت حماية الشخصيات السياسية القومية، كانت العلاقات بين العلماء الإماميين فى بعض الأحايين متوترة مع السنة