وبينما كان الاتجاه الأصولى يثبت أقدامه فى مواجهة الاتجاه الأخبارى، كان التنازع على السلطة بين الدولة والعلماء مثارا فى عهد القاجار. هذا ورغم أن القاجار لم يصلوا فى التوفيق معهم إلى حد قبول المبادئ التى قبلها الصفويون، فقد تمتعوا بشئ من الشرعية على يد قيادة من المجتهدين مثل الشيخ جعفر النجفى كاشف الغطاء (المتوفى 1227 هـ/ 1812 م) وميرزا أبو القاسم القمى (متوفى 1231 هـ/ 1816 م) وسيد جعفر كاشف (متوفى 1267 هـ/ 1850 م)، وأخذت هذه القضية الشرعية وضعا أكثر خطورة بإصدار الشيخ جعفر كاشف -شيخ المجتهدين- إذنا للشاه فتح على (1797 - 1834) بإعلان الجهاد باسم الإمام الغائب ضد روسيا.

ورغم ما أعطى للمجتهدين من سلطة، فقد أعيد النظر فى الرأى الذى بمقتضاه ظهر نظام "مرجعية التقليد"، والذى يعنى فى الواقع إنشاء هيئة متدرجة من المجتهدين تحت رئاسة واحدة. ورغم أنه من الوجهة النظرية فإن التدرج يكون على أساس "الأعلمية"، فإن العمل سار على الأخذ بمدى التأثير على المقلدين، أى على أساس "الرياسات", متمثلة فى تقدير العامة وتحصيل الضرائب الدينية، وهو المفهوم الذى تطور مع التغيرات السياسية الاقتصادية والاجتماعية. فخلال القرن التاسع عشر كانت الرياسة مرتبطة بوجه خاص بمدى سيطرة المجتهد على الطبقات الاجتماعية والاقتصادية والمجتمعات العرقية (كالعرب والفارسيين والترك أو الناطقين بالتركية).

ويرتبط أيضًا التأخر فى هيكل تدرج الأئمة بالخلاف حول السلطة الذى استمر رغم إنشاء الملا أحمد نراغى (متوفى 1245 هـ/ 1829 م) لمبدأ تفويض السلطة للمجتهدين "الولاية". وقد جمع كل فريق قدرا من الأحاديث، تعارض ما جمعه الفريق الآخر، انتصارا لوجهة نظره حول شرعية السلطة للمجتهدين وبوصول مبدأ "ولاية الفقيه" إلى آخر مراحل تطوره على يد آية اللَّه الخُمينى (المتوفى 4 يونيو