وكانت هناك أعمال أخرى خاصة فى مجالات الفلك والرياضيات والمخططات الجغرافية تجرى إلى جانب المناقشات الدينية بدءا من العقد الثانى من القرن التاسع للميلاد وتزامنت مع استعادة سلطة الخليفة على الأقاليم المحكومة ذاتيا والمناطق الواقعة إلى شمال العراق. وأمكن سحق حركة التمرد فى الجزيرة وإنهاء الحكم الذاتى لشيوخ القبائل فى المدن الرئيسية ولكنه لم يستطع إخضاع منطقة الجبال وكانت تحت سيطرة بابك ولم تتمكن الحملات المختلفة من إخضاعها وكانت لها حصانتها وفعاليتها بشكل خاص حيال الجيش النظامى وقد كلف ذلك الفشل المتكرر الخلافه غاليًا ولكنه لم يحل دون اتساع سيطرة الخلافة على المناطق الجبلية الأخرى، وعين الخليفة عليها عددا من الأمراء المحليين المواليين له واعتنق جميعهم الإسلام وأنعم عليهم بلقب (موالى أمير المؤمنين) مكافأة على دعمهم لسياساته. أما اليمن، فكانت مسرحًا لاندلاع ثورة علوية سنة 207 هـ/ 822 م جديدة بقيادة "عبد الرحمن بن أحمد" ولكن المأمون أجبره على الاستسلام وبهذا أمكن تحقيق السلام الاجتماعى كذلك قمعت ثورة مواطنى "قم" الذين ثاروا لرفضه تخفيض "الخراج" (فى 210 هـ/ 825 م ثم فى 216 هـ/ 831 م).

بمجرد أن تحقق الهدوء والسلام فى الدولة، مع عودة مصر تحت سيطرة الخلافة (210 - 211 هـ/ 825 - 826 م) وتأكيد الوضعية الاستقلالية للأغالبة فى أفريقية، أحس المأمون بقدرته على إعلان "المعتزلة" مذهبا رسميا (فى 212 هـ/ 827 م) وأعلن سياسة يلتزم الإمام بموجبها بإعادة تنظيم الجيش المركزى ليجهز نفسه بقوة ضاربة قوية فعالة تعمل تحت قيادته. وسيطر على القوات المسلحة ف 213 هـ/ 828 م وقسمها إلى ثلاثة جيوش رئيسية (يتكون كل منها من مجموعة من "الأبناء" وقوات من "العواصم" ومجندين من المناطق الشرقية للإمبراطورية): الأولى بقيادة: "إسحق ابن إبراهيم" ومهمته حفظ النظام فى العراق والجبال وفارس المتصلة