1535 م) استطاع شارل الخامس أن يعيد مولاى الحسن إلى عرشه تحت الحماية الأسبانية ولكنه لم يستطع السيطرة على جنوب البلاد، وأصبحت القيروان فى ذلك الوقت عاصمة لإمارة مستقلة يحكمها المرابط سيدى عرفة، وظلت على ذلك حتى قدم الريس درغوت من طرابلس الغرب واحتل المدينة فى 3 يناير 1558 م وعين حيدر باشا حاكما عليها.

وفى سنة 1574 م انضمت قوات حيدر باشا إلى القوات الموجودة فى طرابلس لمؤازرة سنان باشا الذى قدم على رأس أسطول ليقضى تماما على الأسرة الحفصية والوجود الأسبانى، ومنذ ذلك الوقت أصبحت تونس باشوية عثمانية يحكمها حيدر باشا حاكم القيروان السابق.

ولقد عجل حكم المراديين بتدهور القيروان رغم أن حمودة باشا قد أظهر بعض الاهتمام بالمدينة ووضع بها فى سنة 1631 م أوجاقا [حامية].

ولكن سرعان ما دب الشقاق بين على بك وأخيه محمد فاندلعت بينهما حرب أهلية ووقفت القيروان بجانب الأخير [أى محمد]، وبعد التسوية التى تمت بين الاثنين فى سنة 1678 م والتى تم بمقتضاها تقسيم البلاد فيما بينهما أصبحت القيروان مقرًا لحكومته، وقام خليل بك من طرابلس فنهب المدينة نتيجة لتحالفه ضد الجزائر.

وقد صدرت الأوامر فى عام 1701 م للأهالى بهدم مدينتهم فيما عدا المساجد والزوايا، وبعد قتل الطاغية قام خليفته إبراهيم الشريف بإصلاح الضرر وسمح لأهالى القيروان فى سنة 1703 م بالعودة إلى مدينتهم وإعادة بنائها. وبعد ذلك استفاد أهل القيروان من التسامح الذى اتسم به حسين بن على مؤسس الأسرة الحسينية (1705 - 1735 م) الذى اهتم اهتماما كبيرًا بترميم المساجد، وقد أخلص له أهل القيروان حتى النهاية، كما قام ابن شقيقه على باشا بحصاره لمدة خمس سنوات ثم أسره وشنقه فى 13 مايو 1740 م.

وبعد ذلك وصل إلى المدينة محمد الرشيد بن حسين بن على واستولى