وباستثناء هذه الفترة والتى يحوم حولها بعض الشك فإن الأزهر كان موضع إعادة تنظيم وترميم وإضافات من جانب أغلب كبار حكام القاهرة منذ الحافظ حتى قايتباى الذى أضاف إليه محرابًا ومئذنة (لا نعرف تاريخهما) وكذلك بوابة، كما أضاف إليه الغورى مئذنة ثانية لا نعرف تاريخها هى أيضًا. وعندما أضاف قايتباى بوابة المزينين (833 هـ - 1429 م) أصبحت الدرستان الطيبرسية والأقبغاوية المجاورتين للجامع (709 هـ/ 1309 م و 734 - 740 هـ/ 1333 - 1339 م) ضمن مجموع مبانى الجامع، علما بأن البوابة الحالية ترجع إلى العصر العثمانى وتنسب إلى عبد الرحمن كَتْخُدا (1167 هـ/ 1753 م) الذى أضاف الكثير إلى مساحة الجامع فى ذلك العصر.

وكان جامع الحاكم أكثر تقليدية وذلك لأنه ينفرد بوجود زيادة فى أحد جوانبه يرجعها كريزويل إلى عام 411 - 427 هـ/ 1021 - 1036 م)، وكما يشتمل على مئذنتين ترتكزان على قاعدتين كبيرتين فى الزاويتين الشمالية الغربية والجنوبية الغربية واتَّبَعَ الجامع مخططا يشتمل على ثلاثة مداخل تذكارية أدمج المدخل الشمالى فيما بعد فى سور بدر الجمالى. وقد أضير هذا الجامع بسبب زلزال عام 702 هـ/ 1303 م , لكنه رُمِّمَ فى الحال بفضل بيبرس الجاشنكير الذى أضاف هيكلين هرميى الشكل لمئذنتيه الحجريّتين ومبخرة فى قمة كل منهما. ورغم الاصلاحات التالية التى ينسبها المقريزى إلى السلطان الناصر حسن، فإن المسجد فى حالته الراهنة فى حالة متهدمة، كما أن الزخارف التى عَدَّها فلورى Flury فى غاية الأهمية تكاد تكون مطمورة فلا تستطيع تمييزها ومعرفتها.

[وقد تم إصلاح هذا الجامع وترميمه ترميما كاملا عن طريق طائفة البهرة وافتتح للصلاة عام 1980].

أما المسجدان الفاطميان الآخران اللذان يوجدان فى القاهرة واللذان يقومان على مخطط يعتمد على الصحن ويستحقان اهتمامنا فهما الجامع الأقْمَر