ولقد أصبحت فرغانة معروفة للصينيين منذ سنة 128 ق. م، ثم تعرضت لهجمات تركية ثم دخلت فى نطاق الأملاك التركية بعد حروب استمرت من سنة 627 م حتى 649 م حين اتخذ احد الأمراء الأتراك مقره فى "كاسان" المعروفة عند أهل الصين باسم "كوساى". وقد آل الإقليم كله إلى يد حاكم صينى بعد أن تمكن الصينيون من الاطاحة بالحكم التركى، ثم تداولت الحكم أسرات إيرانية فتركية، حتى إذا استؤصل الحكم الصينى حوالى سنة 680 م قام بحكم فرغانة "أرسلان خان" وذلك حوالى سنة 739 م.

والمتفق عليه أن تقدّم العرب المسلمين فى فرغانة بدأ زمن الخليفة عثمان بن عفان بقيادة محمد بن جرير، والواقع أن الغزو الإسلامى لفرغانة مرتبط باحتلال قتيبة بن مسلم لما وراء النهر (تركستان) إذ وطأ أرضها لأول مرة عام 94 هـ لكنه قتل على يد عسكره، ولا يزال قبره حتى اليوم مزارا يزوره الناس ويقع على مشارف قرية "جَلال قُدق" قرب انديجان. ولقد وقعت فى أعقاب ذلك اضطرابات وفتن كثيرة منعت من تدعيم الحكم الإسلامى فى فرغانة بعض الوقت، وتلى هذه الاضطرابات معارك فى فارس أدت إلى سقوط الأمويين سنة 749 - 950 م، وأصبح لزاما على المسلمين مغادرة الأقليم فغادروه، ولما كان عام (103 هـ = 721 م) استطاع أمير منطقة صغد أن يلم شتات أبناء جلدته الذين كانوا قد فروا إلى الجهات الشرقية وطلب إليهم أَن لا يستجيبوا لمن يدعوهم إلى الإسلام.

ولقد لعبت الطبقة العليا من أصحاب السلطة من أهل البلاد ممن يعرفون بالدهاقين دورا قياديا فى فرغانة وكذلك فى بقية نواحى بلاد ما وراء النهر (تركستان) وذلك بزعامة أحد الدهاقين الذى لقب أيضا بالإخشيد، إلا أنه فى سنة 121 هـ (= 739 م) كما يقرر الطبرى (جـ 2/ 1694) استطاع العرب استعادة سلطانهم حيث أرسلوا واليا من قبلهم على فرغانة لكن ذلك لم يمنع من استمرار روح المعارضة، وقد ساعد على ذلك تقدم الجيوش الصينية