الفصيل الآخر برجوان، وتأججت الكراهية بين الترك والعبيد السود سبب أم المستنصر وأدت هذه الكراهية إلى معارك عديدة بين الطرفين سنة 454 هـ/ 1062 م و 459 هـ/ 1067 م، وقد اتخذ البربر جانب الترك فى هذه المعارك. وقد سلب ناصر الدولة القائد التركى الذى انتصر على السود فى هذه المعارك الأهلية- الخليفة المستنصر كل سلطانه، حتى أنه -أى المستنصر- كان مضطرًا لبيع ممتلكاته ليدفع للترك وكانت طلباتهم مبالغا فيها. واستمرت الاضطرابات بسبب استبداد ناصر الدولة وصاحبتها المجاعة حتى مجئ بدر الجمالى الذى تصرف بحزم لا لين فيه (بدكتاتورية)، ومنذ حكم الحافظ فصاعدا كانت هذه الفصائل العسكرية المتناحرة توزع ولاءاتها على مدَّعى منصب الوزارة أو المطالبين به، وكان بعض الوزراء يحابون بعض الفصائل على حساب الأخرى حتى يستعينوا بها مستقبلا كما كانوا يجندون البدو لصالحهم.

وقد نشبت بعض الاضطرابات الدينية عند ما حاول بعض الدعاة إجبار الناس على الاعتراف بالوهية الحاكم، ففى سنة 411 هـ/ 1920 م قتل جمهور الناس هؤلاء الدعاة فأمر الحاكم بإحراق الفسطاط. وفى سنة 531 هـ/ 1137 م لم يجد رضوان مشقة فى إثارة عامة المسلمين ضد الوزير الأرمنى المسيحى بهرام.

وشهد العصر الفاطمى أيضا متاعب اقتصادية ومجاعات (من ذلك النوع الذى يحدث فى مصر إذا انخفض فيضان النيل). وفى سنة 414 - 415 هـ/ 1924 - 1025 م فى عهد الظاهر شهدت مصر مجاعة اضطرت الناس لأكل القطط والكلاب لأن الخليفة منع ذبح ثيران الحرث، لكن أخطر المجاعات كانت تلك التى حدثت فى عهد المستنصر، وفى سنة 446 هـ/ 1054 م طلب الخليفة من قسطنطين مونوماخوس أن يمد مصر بالطعام. وقد تحسن الوضع الاقتصادى فى عهد وزارة بدر الجمالى وابنه الأفضل.