ورحبوا بأبى حسون، المطالب بعرش الوطاسيين، عندما استطاع أهلها طرد السعدى [محمد الشيخ] فى 2 صفر 961 هـ 7 يناير 1554 م بمساعدة قوة تركية صغيرة صاحبته من الجزائر، ولكن تلك المغامرة لم يكتب لها النجاح طويلا حيث عاد السعدى على رأس جيشه فى شوال 968 هـ/ سبتمبر 1554 م واستطاع أن يجبر أبا حسون على تسريح حلفائه الأتراك وقد قتل أبو حسون فى المعركة تحت أسوار فاس ووقعت المدينة فى قبضة السعديين مرة أخرى.

هذا ولم يستمر السعديون فى الإساءة لمعارضيهم لفترة طويلة كما قاموا بتدعيم تحصينات المدينة ليحكموا سيطرتهم عليها فضلا عما قاموا به من أعمال التحسين والزخرفة بجامع القرويين.

وعندما توفى السلطان أحمد المنصور فى فاس 16 ربيع الأول 1012 هـ/ 25 أغسطس 1603 م شبّ الصراع بين أبنائه على العرش مما أدى إلى إشاعة حالة من الفوضى فى الغرب ظلت باقية لمدة تربو على ستين عامًا.

ووقعت فاس فى دائرة مفرغة من الضعف وتعرضت لعدة غزوات ومما زاد من سوء حظ المدينة أنها عانت كثيرًا من الخلافات الداخلية الشديدة وعاشت أحلك فترات تاريخها لمدة تربو على خمسين عامًا كانت فاس مدينة قد مسها الضعف عندما استولى عليها المطالب بعرش العلويين وهو مولاى الرشيد فى عام 1076 هـ/ 1666 م.

وبدأت جراح تلك المدينة تندمل وتدبّ فيها الحياة من جديد تحت حكم هذا الأمير النشيط الذى أولى أعمال المنافع العامة اهتماما كبيرًا (ومنها بناء جسر [قنطرة] فوق وادى سبو المتاخم لها وبناء قلعتين غريب المدينة القديمة وترميم جسر فوق وادى فاس واستحداث مدرسة جديدة تضاف إلى تلك المدارس التى بناها من قبله المرينيون).

وعندما قتل مولاى الرشيد فى سنة 1082 هـ/ 1672 م خلفه أخوه مولاى إسماعيل الذى كان حاكمًا متميزًا ومع ذلك كان لا يهتم بفاس ولذلك أنشأ حاضرة جديدة له فى مكناس واستمر